Un soir, Sumire une jeune écolière quitte l’école pour se rendre dans une boutique de vêtements goths. A l’intérieur l’attends Lucia, la dirigeante de la boutique. Mais derrière cette petite boutique se cache en faite le quartier général de Venus Vanguard, une petite organisation qui chasse les Virus : des être humanoïdes sans âme, et qui tuent les humains afin de leur voler leur ame. Seul les personnes qui ont la capacité de les voir sont prit pour cible, et seul ces mêmes personnes peuvent connaître l’existence de Vénus Vanguard et demander leur aide.
Lucia qui à la capacité de voir les virus à l’intérieur des humains avec son œil gauche, et Sumire qui peut se transformer en antivirus berserker incontrolable, vont aider ses personnes et faire face aux Virus.