Ce film adapte les tomes 6 et 7 du roman éponyme. Il s’agit de la suite directe de la série TV.
Alors qu’il n’a plus de nouvelles de la petite Shôko Makinohara depuis quelque temps, Sakuta est contacté par la version adulte de la petite fille, qu’il avait déjà rencontré auparavant. La jeune femme, qui avoue souffrir d’un syndrome, lui explique qu’elle ne peut pas rentrer chez elle et lui demande de l’héberger pendant quelques temps.
Plus tard, alors qu’il rend visite à la petite Shôko avec Rio Futaba, Sakuta est mis en présence d’une fiche d’orientation que la collégienne devait remplir en primaire. Selon elle, des souhaits apparaissent sur la feuille sans qu’elle n’ait rien noté. L’adolescent remarque alors que tous ces souhaits ont un lien avec la Shôko adulte qui vit chez lui.