Kanda Sorata est un lycéen de seize ans, qui vit à Sakurasou, un dortoir réservé à certains élèves de la section Arts du lycée Suimei (surnommé Suiko ou Sui). Un jour, Shiina Mashiro, une belle et talentueuse jeune fille, qui est secrètement mangaka, arrive à Sakurasou. Aux premiers abords, elle paraît comme une lycéenne tout à fait normale, sauf qu’elle se révèle être incapable de prendre soin d’elle-même : elle ne sait pas cuisiner, ni ranger sa chambre, et elle montre des difficultés dans les tâches quotidiennes. Très vite, elle va devenir dépendante de Sorata, qui la considère comme sa petite sœur. De ce fait, le jeune lycéen va tout mettre en œuvre pour protéger Mashiro des locataires farfelus de Sakurasou. C’est ainsi que débute la relation peu ordinaire entre un « Maître et son Animal de Compagnie. »