Red Data Girl est basé sur une ancienne légende Japonaise qui dit que les RDG sont en voie de disparition.
Izumiko Suzuhara a grandi dans un sanctuaire caché dans les montagnes Kumano. C’est une jeune fille timide qui, mystérieusement, détruit tout appareil électronique qu’elle touche. Elle a été protégée par sa famille toute sa vie. A 15 ans, elle décide de tout changer et de mener une vie normale comme les autres filles. Elle décide alors de quitter les montagnes et de s’inscrire dans une école dans la ville. C’est là que son tuteur, Yukimasa Sagara force son fils Miyuki à rester aux cotés de Izumiko afin de la servir.
Au début, tous deux se repoussent mutuellement. Mais leur relation change suite à un accident survenu lors d’une excursion scolaire. Izumiko rencontre son destin de dernière représentante de la déesse Himegami, avec Miyuki son serviteur.