Ayanagi City, une ville cotière, est une ville futuriste qui a été construite pour procéder à la récupération de la catastrophe provoquée par le “syndrome Apathy”, il y a dix ans.
L’histoire commence avec le lycéen Shin Kanzato, avec ses frères Jun et Ryō, qui est chef de la police de la ville de Ayanagi. Une série d’étranges incidents se produit à Ayanagi : l’équipage d’un sous-marin disparaît soudainement lorsqu’ils sont à bord. Un symptôme spiritless dérange le monde, quand le cadavre d’un étudiant a pris une cruelle apparence. Shin, après avoir été impliqués dans les incidents, éveille le “Persona”.
