La Guerre du Saint-Graal: une violente bataille dans laquelle sept Masters et leurs Servants se battent pour le Saint-Graal, un artefact magique qui permet au vainqueur d’exaucer son vœu le plus cher. Il y a près de 10 ans, la bataille finale de la Quatrième guerre du Saint-Graal s’est déroulée à Fuyuki et a coûté la vie à 500 personnes, laissant la ville dévastée.
Emiya Shirô, un survivant de cette tragédie, aspire à devenir un héros de la justice comme son père adoptif, Emiya Kiritsugu. En dépit d’être un étudiant, Shirô est jeté de force dans la Cinquième Guerre du Saint-Graal.
Alors qu’une personne inconnue enchaîne les assassinats dans la ville de Fuyuki, Shirô s’allie avec Tohsaka Rin, une autre Master, afin d’empêcher la mort d’innombrables personnes.
Cependant, les sentiments de Shirô envers son amie, Matô Sakura, l’entraînent dans les plus sombres secrets entourant la Guerre du Saint Graal.