Au sein de la population de Soul Shell, un pouvoir magique réside. Ceux qui possèdent ce pouvoir son appelés les “Ravateel” et font généralement équipe avec des guerriers pour amplifier leurs pouvoirs et purifier Soul Shell des monstres qui l’habitent. Cependant ces monstres semblent se diriger vers une tour de Soul Shell, la tour “Ar Tonelico”.
Soul Shell est divisé en 2 parties, l’un s’appelle “la couche inférieure” et l’autre “la couche supérieure” et chacune de ces parties est habitée par une population différente. La couche supérieure est dotée d’une technologie bien plus avancée que la couche inférieure.
Laine Barselt, le héros, dirige son vaisseau pour tenter de détruire une sorte de monstre qui infeste la couche supérieure mais son vaisseau est touché par le monstre et tombe droit vers la couche inférieure, où il s’écrase.
C’est alors que surgit Orica Mestomille, une “Ravateel” assez particulière dont le chant ne semble pas du tout au point, qui va tenter de soigner Laine. S’étant écrasé au sommet d’une falaise, le vaisseau tombe encore plus bas, entraînant Laina et Orica avec lui.
Nos héros se retrouvent dans un endroit inconnu. Le vaisseau de Laine n’étant plus en état de marche, il décide donc d’aller en ville pour y trouver un mécanicien mais cela ne s’annonce pas facile, sans compter qu’un horrible monstre va commencer à dévaster la ville.
